来自lmList的广义线性模型的置信区间

2023年11月22日 290次阅读

我正在尝试使用lme4包中的lmList计算具有通用模型的组的置信区间.它适用于普通线性模型,但在因变量是二分的时会失败.例如,这工作正常：

d <- data.frame(
  g = sample(c("A","B","C","D","E"), 250, replace=TRUE),
  y1 = runif(250, max=100),
  y2 = sample(c(0,1), 250, replace=TRUE)
)

library(lme4)

fm1 <- lmList(y1 ~ 1 | g, data=d)

我可以使用coef(fm1)和使用confint(fm1)的系数的置信区间来提取系数.然后我运行一个具有二分结果的模型：

fm2 <- lmList(y2 ~ 1 | g, data=d, family=binomial)

我仍然可以使用coef(fm2)获得系数,但是当我尝试获得置信区间时,我得到一个错误：

> confint(fm2)
Waiting for profiling to be done...
Waiting for profiling to be done...
Error in val[, , i] <- eval(mCall) : incorrect number of subscripts

我本来打算将它发布到stats.stackexchange,因为我认为这可能是我对GLM的置信区间不了解的东西,但后来我发现我仍然可以使用置信区间

by(d, d$g, function(x) confint(glm(y2 ~ 1, data=x, family=binomial)))

有没有办法用lmList做到这一点？

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252  LC_CTYPE=German_Germany.1252  
[3] LC_MONETARY=German_Germany.1252 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=German_Germany.1252   

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base    

other attached packages:
[1] lme4_0.999375-42 Matrix_1.0-6     lattice_0.20-6 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.0   MASS_7.3-17   nlme_3.1-103  stats4_2.15.0 tools_2.15.0

最佳答案 这确实是一个错误,我正在修复.结果证明是相当简单的：基本问题是confint.lm返回一个矩阵,而confint.glm返回一个数据帧.

总的来说,我强烈建议在http://r-forge.r-project.org/tracker/?atid=298&group_id=60&func=browse向bug追踪器发布除了最简单的bug修复之外的所有错误修复(我抱怨R-core对bug报告的态度,所以为了保持一致,我必须遵循我自己的规则……)感谢您的报告！

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