bcftools：为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件（转载）

2023年2月18日 230次阅读来源: 是Billy呐~

bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件

1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件

bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz

bgzip -c T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf >T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz

2. bcftools 为 gz 文件建索引

bcftools index -t T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz

bcftools index -t T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz

3. bcftools 合并 vcf 文件

bcftools merge -m snps -f PASS,. --force-samples T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotyper.vcf.gz > merge.vcf

本文转载至 https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/8294998.html

    原文作者：是Billy呐~
    原文地址: https://blog.csdn.net/liangbilin/article/details/108693660
    本文转自网络文章，转载此文章仅为分享知识，如有侵权，请联系博主进行删除。