Bisecting k-means聚类算法及实现

2019年3月21日 133次阅读 来源: 聚类算法

Bisecting k-means聚类算法，即二分k均值算法，它是k-means聚类算法的一个变体，主要是为了改进k-means算法随机选择初始质心的随机性造成聚类结果不确定性的问题，而Bisecting k-means算法受随机选择初始质心的影响比较小。
首先，我们考虑在欧几里德空间中，衡量簇的质量通常使用如下度量：误差平方和（Sum of the Squared Error，简称SSE），也就是要计算执行聚类分析后，对每个点都要计算一个误差值，即非质心点到最近的质心的距离。那么，既然每个非质心点都已经属于某个簇，也就是要计算每个非质心点到其所在簇的质心的距离，最后将这些距离值相加求和，作为SSE去评估一个聚类的质量如何。我们的最终目标是，使得最终的SSE能够最小，也就是一个最小化目标SSE的问题。在n维欧几里德空间，SSE形式化地定义，计算公式如下：
《Bisecting k-means聚类算法及实现》
Bisecting k-means聚类算法的基本思想是，通过引入局部二分试验，每次试验都通过二分具有最大SSE值的一个簇，二分这个簇以后得到的2个子簇，选择2个子簇的总SSE最小的划分方法，这样能够保证每次二分得到的2个簇是比较优的（也可能是最优的），也就是这2个簇的划分可能是局部最优的，取决于试验的次数。
Bisecting k-means聚类算法的具体执行过程，描述如下所示：

  1. 初始时，将待聚类数据集D作为一个簇C0，即C={C0}，输入参数为：二分试验次数m、k-means聚类的基本参数；
  2. 取C中具有最大SSE的簇Cp，进行二分试验m次：调用k-means聚类算法，取k=2，将Cp分为2个簇：Ci1、Ci2，一共得到m个二分结果集合B={B1,B2,…,Bm}，其中，Bi={Ci1,Ci2}，这里Ci1和Ci2为每一次二分试验得到的2个簇；
  3. 计算上一步二分结果集合B中，每一个划分方法得到的2个簇的总SSE值，选择具有最小总SSE的二分方法得到的结果：Bj={Cj1,Cj2}，并将簇Cj1、Cj2加入到集合C，并将Cp从C中移除；
  4. 重复步骤2和3，直到得到k个簇，即集合C中有k个簇。

聚类算法实现

基于上面描述的聚类执行过程，使用Java实现Bisecting k-means聚类，代码如下所示：

01 @Override
02 public void clustering() {
03      // parse sample files
04      final List<Point2D> allPoints = Lists.newArrayList();
05      FileUtils.read2DPointsFromFiles(allPoints, "[\t,;\\s]+", inputFiles); // 从文件中读取二维坐标点，加入到集合allPoints中
06      
07      final int bisectingK = 2;
08      int bisectingIterations = 0;
09      int maxInterations = 20;
10      List<Point2D> points = allPoints;
11      final Map<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>> clusteringPoints = Maps.newConcurrentMap(); // 最终的聚类结果集合
12      while(clusteringPoints.size() <= k) { // 当得到k个簇，则算法终止
13           LOG.info("Start bisecting iterations: #" + (++bisectingIterations) + ", bisectingK=" + bisectingK + ", maxMovingPointRate=" + maxMovingPointRate +
14                     ", maxInterations=" + maxInterations + ", parallism=" + parallism);
15           
16           // for k=bisectingK, execute k-means clustering
17           
18           // bisecting trials
19           KMeansClustering bestBisectingKmeans = null;
20           double minTotalSSE = Double.MAX_VALUE;
21           for (int i = 0; i < m; i++) { // 执行二分试验：调用k-means聚类算法，将输入的点集进行二分，得到2个簇，试验执行m次
22                final KMeansClustering kmeans = new KMeansClustering(bisectingK, maxMovingPointRate, maxInterations, parallism);
23                kmeans.initialize(points);
24                // the clustering result should have 2 clusters
25                kmeans.clustering();
26                double currentTotalSSE = computeTotalSSE(kmeans.getCenterPointSet(), kmeans.getClusteringResult()); // 计算一次二分试验中总的SSE的值
27                if(bestBisectingKmeans == null) {
28                     bestBisectingKmeans = kmeans;
29                     minTotalSSE = currentTotalSSE;
30                } else {
31                     if(currentTotalSSE < minTotalSSE) { // 记录总SSE最小的二分聚类，通过kmeans保存二分结果
32                          bestBisectingKmeans = kmeans;
33                          minTotalSSE = currentTotalSSE;
34                     }
35                }
36                LOG.info("Bisecting trial <<" + i + ">> : minTotalSSE=" + minTotalSSE + ", currentTotalSSE=" + currentTotalSSE);
37           }
38           LOG.info("Best biscting: minTotalSSE=" + minTotalSSE);
39           
40           // merge cluster points for choosing cluster bisected again
41           int id = generateNewClusterId(clusteringPoints.keySet()); // 每次执行k-means聚类，都多了一个簇，为多出的这个簇分配一个编号
42           Set<CenterPoint> bisectedCentroids = bestBisectingKmeans.getCenterPointSet(); // 二分得到的2个簇的质心的集合
43           merge(clusteringPoints, id, bisectedCentroids, bestBisectingKmeans.getClusteringResult().getClusteredPoints()); // 将二分得到的2个簇的集合，合并加入到最终结果的集合中
44           
45           if(clusteringPoints.size() == k) { // 已经得到k个簇，算法终止
46                break;
47           }
48           
49           // compute cluster to be bisected
50           ClusterInfo cluster = chooseClusterToBisect(clusteringPoints);
51           // remove centroid from collected clusters map
52           clusteringPoints.remove(cluster.centroidToBisect);
53           LOG.info("Cluster to be bisected: " + cluster);
54           
55           points = Lists.newArrayList();
56           for(ClusterPoint<Point2D> cp : cluster.clusterPointsToBisect) {
57                points.add(cp.getPoint());
58           }
59           
60           LOG.info("Finish bisecting iterations: #" + bisectingIterations + ", clusterSize="+ clusteringPoints.size());
61      }
62      
63      // finally transform to result format
64      Iterator<Entry<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>>> iter = clusteringPoints.entrySet().iterator();
65      while(iter.hasNext()) { // 构造最终输出结果的数据结构
66           Entry<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>> entry = iter.next();
67           clusteredPoints.put(entry.getKey().getId(), entry.getValue());
68           centroidSet.add(entry.getKey());
69      }
70 }

上面，我们调用chooseClusterToBisect方法区实现对具有最大的SSE的簇进行二分，具体选择的实现过程，代码如下所示：

01 private ClusterInfo chooseClusterToBisect(Map<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>> clusteringPoints) {
02      double maxSSE = 0.0;
03      int clusterIdWithMaxSSE = -1;
04      CenterPoint centroidToBisect = null;
05      Set<ClusterPoint<Point2D>> clusterToBisect = null;
06      Iterator<Entry<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>>> iter = clusteringPoints.entrySet().iterator();
07      while(iter.hasNext()) {
08           Entry<CenterPoint, Set<ClusterPoint<Point2D>>> entry = iter.next();
09           CenterPoint centroid = entry.getKey();
10           Set<ClusterPoint<Point2D>> cpSet = entry.getValue();
11           double sse = computeSSE(centroid, cpSet); // 计算一个簇的SSE值
12           if(sse > maxSSE) {
13                maxSSE = sse;
14                clusterIdWithMaxSSE = centroid.getId();
15                centroidToBisect = centroid;
16                clusterToBisect = cpSet;
17           }
18      }
19      return new ClusterInfo(clusterIdWithMaxSSE, centroidToBisect, clusterToBisect, maxSSE);// 将待分裂的簇的信息保存在ClusterInfo对象中
20 }
21  
22 private double computeSSE(CenterPoint centroid, Set<ClusterPoint<Point2D>> cpSet) { // 计算某个簇的SSE
23      double sse = 0.0;
24      for(ClusterPoint<Point2D> cp : cpSet) {
25           // update cluster id for ClusterPoint object
26           cp.setClusterId(centroid.getId());
27           double distance = MetricUtils.euclideanDistance(cp.getPoint(), centroid);
28           sse += distance * distance;
29      }
30      return sse;
31 }

在二分试验过程中，因为每次二分都生成2个新的簇，通过计算这2个簇的总SSE的值，通过迭代计算，找到一个局部最小的总SSE对应的2个簇的划分方法，然后将聚类生成的2簇加入到最终的簇集合中，总SSE的计算法方法在computeTotalSSE方法中，如下所示：

01 private double computeTotalSSE(Set<CenterPoint> centroids, ClusteringResult<Point2D> clusteringResult) {
02      double sse = 0.0;
03      for(CenterPoint center : centroids) { // 计算2个簇的总SSE值
04           int clusterId = center.getId();
05           for(ClusterPoint<Point2D> p : clusteringResult.getClusteredPoints().get(clusterId)) {
06                double distance = MetricUtils.euclideanDistance(p.getPoint(), center);
07                sse += distance * distance;
08           }
09      }
10      return sse;
11 }

聚类效果对比

下面，我们对比一下，k-means算法与Bisecting k-means多次运行的聚类结果对比，如下图所示：
《Bisecting k-means聚类算法及实现》
上图中，第一排是执行k-means聚类得到的效果图，第二排是执行Bisecting k-means聚类得到的效果图，其中编号为9999的点为质心点。第二排效果图看似多次计算质心没有变化，但是实际是变化的，只是质心点的位置比较稳定，例如，下面是两组质心点：

01 462.9642857142857,303.5,7
02 172.0,279.625,8
03 236.54285714285714,136.25714285714287,10
04 105.125,65.9375,11
05 75.91304347826087,185.7826086956522,12
06 56.03333333333333,299.53333333333336,13
07 273.5,117.5,14
08 415.5952380952381,68.71428571428571,15
09 329.04,308.68,16
10 374.35,200.55,17
11  
12 172.0,279.625,5
13 462.9642857142857,303.5,8
14 105.125,65.9375,9
15 236.54285714285714,136.25714285714287,10
16 273.6666666666667,124.44444444444444,11
17 415.5952380952381,68.71428571428571,12
18 75.91304347826087,185.7826086956522,13
19 56.03333333333333,299.53333333333336,14
20 379.57894736842104,201.6315789473684,15
21 329.04,308.68,16

同k-means算法一样，Bisecting k-means算法不适用于非球形簇的聚类，而且不同尺寸和密度的类型的簇，也不太适合。

《Bisecting k-means聚类算法及实现》

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    原文作者：聚类算法
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