最近需要用到层次聚类，发现在Matlab上很容易实现，下面是代码加详细注释

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clc
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mdist=input('输入坐标文件名字\n');
disp('读取数据坐标')
%获取坐标
%文件为二维的坐标，第一列为x轴坐标，第二列为y轴坐标
xx=load(mdist);
%获取数据的个数存至number
[number, row]=size(xx);
%获取距离矩阵，第二参数指定距离计算方法
%可选参数有'euclidean'：欧氏距离（默认）；'seuclidean'：标准化欧氏距离；
%'mahalanobis'：马氏距离；'cityblock'：布洛克距离；'minkowski'：明可夫斯基距离；
%'cosine'：余弦距离 'correlation'：相关性 'hamming'：汉明距离 'jaccard'：Jaccard相似度
%'chebychev'：Chebychev距离。
yy=pdist(xx,'euclidean');
%获取聚类，第二参数指定层次聚类方式
%'single'：单连通，最短距离法（默认）；'complete'：全连通，最长距离法；'average'：未加权平均距离法； 
%'weighted'： 加权平均法；'centroid'： 质心距离法；'median'：加权质心距离法；'ward'：内平方距离法（最小方差算法）
zz=linkage(yy,'single');
%指定获取簇类个数
Ncluster=input('输入类个数\n');
%获取指定Ncluster个数的聚类结果
c = cluster( zz,'maxclust', Ncluster ); 
 
%获取绘图所需颜色
%需要用到linspecer.m文件
%下载地址
%http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/42673-beautiful-and-distinguishable-line-colors-+-colormap
 if(Ncluster>12)
 Color = linspecer( Ncluster );
 else
     Color = linspecer( Ncluster, 'qualitative' );
     end
     
 
 for i=1:Ncluster
     for j = 1:number
     if(c(j) == i)    
     hold on
     plot(xx(j,1),xx(j,2),'o','MarkerFaceColor',Color(i,:),'MarkerEdgeColor',Color(i,:))
     end
     end

 end

参考资料：

http://www.cnblogs.com/blessw/archive/2010/03/27/1698635.html