1.下载mongodb安装包,官网下载速度比较慢,百度云安装包链接:http://pan.baidu.com/s/1geVQ8Xt 密码:8o5i
2.python 安装pymongo 我是在python的scripts目录下 pip install pymongo
3.安装mongodb,我是装在了E盘。E:\MongoDb\下创建log文件夹,创建mongodb.log ,E:\MongoDb\下创建dada文件夹,创建db文件夹。log,data与bin位于同一位置
在bin目录下输入命令
注意要用管理员方式启动命令行
这样在服务里面就有MongoDB的服务了
E:\MongoDB\bin>mongod –logpath “E:\MongoDb\log\mongodb.log” –logappend –dbpath “E:\MongoDb\data\db” –directoryperdb –serviceName “MongoDB” –serviceDisplayName “MongoDB” –install
4.启动mongodb服务
net start MongoDB
或者每次手动开启数据库,开启后,方可往数据库里加东西。
3bin 目录下 mongod.exe –config E:\MongoDB\mongo.config,不用关闭
4,另开一个bin目录下mongo
use ad 使用ad数据库
ad.xml.find() 显示ad数据库里xml表的内容
http://blog.csdn.net/wyc_cs/article/details/51025785
5python操作mongodb数据库
https://www.oschina.net/code/snippet_1382328_37407
from pymongo import MongoClient # create link client = MongoClient('localhost', 27017) #link to mongodb db = client['ad'] #or db = client.ad collection = db['xml'] #create cousin #insert to mongodb,data must be dict or json data = { 'pmc_id': pmc_id, 'xml': handle.read() } collection.insert_one(data) #search in the mongodb for item in collection.find(): print item
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&rettype=xml&id=3956752
biopython的一篇文章的获取,格式比较规范,方便从中提取信息。