新手拿小本本记下来

（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
　　设置工作路径 setwd(“C:/Users/kingjie/Desktop/Rdata”)
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框^_
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：？read.table，调出翻到example研究一下。
（8）数据类型

• 向量（vector）

• 矩阵（Matrix）
• 数组（Array）
• 数据框（Data frame）
• List

正文开始
在这些数据类型里，生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框。

part1：向量

1.标量和向量的区分

首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

理解元素、向量和标量

使用时，一般都会直接给变量定义，也就是赋值。

x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

补充一下：你给变量赋值以后

在哪看变量

怎么看变量

2.从向量中提取元素

（1）根据元素位置

x[4] #第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

Part2：数据框

（1）读取本地数据

（本着不该皮时不能皮的原则，讲一下正当的读取命令）

（txt文件可以自己打开文件夹用凡人的方式新建一个，虽然你离大神不远了）

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头 

a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a 

（我还是喜欢用read.csv命令，这个格式太好了，在下一篇教程里有详细的说明）

（2）设置行名和列名

colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames（X）[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#修改第一列为行名

（其实我们这个数据框并不需要改，如果你已经改了，知道怎么撤销吗？用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉你刚才改瞎的了。这也就是变量为什么叫”变”量）

（3）数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

（4）保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load （frame1.RData）#使用时的加载命令

（5）提取元素

(这里的X是指的我用过的一个变量名，实际应用要懂得替换。刚才让师姐测试我教程的时候很担忧你们粗暴地复制我的代码，最后啥也没看懂。)

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
- X[y] #第y列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

（6）直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图：

a <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
> plot(a$case,a$values)

–这种方法有个缺点：数据框名a在代码中重复出现（不符合懒惰（哦不，高效）的要求）

解决：

方法1：attach

• 将数据框名添加到搜索环境中：attach（a）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。

attach(a)
plot(case,values)

• 做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
• 局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

方法2：with

with(c,{
+ plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后打印x

这里正好学习一下脚本的使用：将以下代码复制（手打更好）到一个新的R脚本中。

然后保存到工作目录下，用凡人的方式打开，你会看到它长这样。