//此代码的NextVal数组以0开头

//需要在工程下建立“病毒感染检测输入数据.txt”文件

#include<iostream>
#include<fstream>
#include<string.h>
using namespace std;

typedef struct{   
   char ch[600]; //若是非空串，则按串长分配存储区，否则ch为NULL   
   int len; //串长度   
}HString; 

int* GetNextVal(const char *s, int len)
{
 
    int *next = new int[len];
    int i = 1;
    int j = 0;
    next[1] = 0;
    while(i<len)
    {
        if(j==0 || s[i]==s[j])
        {
            ++i;
            ++j;
            next[i] = j;
        }
        else
        {
            j = next[j];
        }
    }
    return next;
}

int KMP(const char *s, int slen,const char *t,int tlen)
{
  
    int i,j;
    int *next = GetNextVal(t, tlen);
   
    i = 1;
    j = 1;
    while(i<=slen && j<=tlen)
    {
        if(j==0 || s[i]==t[j])
        {
            ++i;
            ++j;
        }
        else
        {
            j = next[j];
        }
    }

    if(j>tlen)
        return i-tlen;
    return 0;
}

void Virus_detection()
{ 
   int num,m,flag,i,j; char Vir[600];
   HString Virus,Person,temp;
   ifstream inFile(“病毒感染检测输入数据.txt”);
   ofstream outFile(“病毒感染检测输出结果.txt”);
   inFile>>num;//读取待检测的任务数
   while(num–) //依次检测每对病毒DNA和人的DNA是否匹配
   {
      inFile>>Virus.ch+1;//读取病毒DNA序列
      inFile>>Person.ch+1;//读取人的DNA序列
      strcpy(Vir,Virus.ch);
 Virus.len=strlen(Virus.ch)-1;
 Person.len=strlen(Person.ch)-1;
 flag=0;//用来标识是否匹配，初始为0，匹配后为非0
 m=Virus.len;
      for(i=m+1,j=1;j<=m;j++) Virus.ch[i++]=Virus.ch[j];
      //因病毒为环状，故将病毒的长度扩大2倍
      //即可线性取到所有长度为Virus.len的字符串
      Virus.ch[2*m+1]=’\0′; //添加结束符号
      for(i=0;i<m;i++)
      {
         for(j=1;j<=m;j++) temp.ch[j]=Virus.ch[i+j];
         //取长为Virus.len的环形字符串
         //即Virus.ch[0]– Virus.ch[Virus.len-1],
         //Virus.ch[1]– Virus.ch[0], Virus.ch[2]– Virus.ch[1]…
         temp.ch[m+1]=’\0′; //添加结束符号
temp.len=strlen(temp.ch)-1;
         
flag=KMP(Person.ch,Person.len,temp.ch,temp.len);  //模式匹配

         if(flag) break; //匹配即可退出循环
      }//for
      if(flag)
         outFile<<Vir+1<<” “<<Person.ch+1<<” “<<“YES”<<endl;
      else
         outFile<<Vir+1<<” “<<Person.ch+1<<” “<<“NO”<<endl;
   }//while
}

int main()
{
Virus_detection();
return 0;
}

/*

病毒感染检测输入数据.txt

3

baa    bbaabbba

baa    aaabbbba

aabb  abceaabb

*/