训练集 vs. 测试集
在模式识别(pattern recognition)与机器学习(machine learning)的相关研究中,经常会将数据集(dataset)分为训练集(training set)跟测试集(testing set)这两个子集,前者用以建立模型(model),后者则用来评估该模型对未知样本进行预测时的精确度,正规的说法是泛化能力(generalization ability)。
怎么将完整的数据集分为训练集跟测试集,必须遵守如下要点:
1、只有训练集才可以用在模型的训练过程中,测试集则必须在模型完成之后才被用来评估模型优劣的依据。
2、训练集中样本数量必须够多,一般至少大于总样本数的50%。
3、两组子集必须从完整集合中均匀取样。
其中最后一点特别重要,均匀取样的目的是希望减少训练集/测试集与完整集合之间的偏差(bias),但却也不易做到。一般的作法是随机取样,当样本数量足够时,便可达到均匀取样的效果,然而随机也正是此作法的盲点,也是经常是可以在数据上做手脚的地方。举例来说,当辨识率不理想时,便重新取样一组训练集/测试集,直到测试集的识别率满意为止,但严格来说这样便算是作弊了。# 交叉验证(Cross Validation)
交叉验证(Cross Validation)是用来验证分类器的性能一种统计分析方法,基本思想是把在某种意义下将原始数据(dataset)进行分组,一部分做为训练集(training set),另一部分做为验证集(validation set),首先用训练集对分类器进行训练,在利用验证集来测试训练得到的模型(model),以此来做为评价分类器的性能指标。常见的交叉验证方法如下:
Hold-Out Method
将原始数据随机分为两组,一组做为训练集,一组做为验证集,利用训练集训练分类器,然后利用验证集验证模型,记录最后的分类准确率为此分类器的性能指标。此种方法的好处的处理简单,只需随机把原始数据分为两组即可,其实严格意义来说Hold-Out Method并不能算是CV,因为这种方法没有达到交叉的思想,由于是随机的将原始数据分组,所以最后验证集分类准确率的高低与原始数据的分组有很大的关系,所以这种方法得到的结果其实并不具有说服性。
Double Cross Validation(2-fold Cross Validation,记为2-CV)
做法是将数据集分成两个相等大小的子集,进行两回合的分类器训练。在第一回合中,一个子集作为training set,另一个便作为testing set;在第二回合中,则将training set与testing set对换后,再次训练分类器,而其中我们比较关心的是两次testing sets的辨识率。不过在实务上2-CV并不常用,主要原因是training set样本数太少,通常不足以代表母体样本的分布,导致testing阶段辨识率容易出现明显落差。此外,2-CV中分子集的变异度大,往往无法达到“实验过程必须可以被复制”的要求。
K-fold Cross Validation(K-折交叉验证,记为K-CV)
将原始数据分成K组(一般是均分),将每个子集数据分别做一次验证集,其余的K-1组子集数据作为训练集,这样会得到K个模型,用这K个模型最终的验证集的分类准确率的平均数作为此K-CV下分类器的性能指标。K一般大于等于2,实际操作时一般从3开始取,只有在原始数据集合数据量小的时候才会尝试取2。K-CV可以有效的避免过学习以及欠学习状态的发生,最后得到的结果也比较具有说服性。
K-fold cross-validation (k-CV)则是double cross-validation的延伸,作法是将dataset切成k个大小相等的subsets,每个subset皆分别作为一次test set,其余样本则作为training set,因此一次k-CV的实验共需要建立k个models,并计算k次test sets的平均辨识率。在实作上,k要够大才能使各回合中的training set样本数够多,一般而言k=10算是相当足够了。
Leave-One-Out Cross Validation(记为LOO-CV)
如果设原始数据有N个样本,那么LOO-CV就是N-CV,即每个样本单独作为验证集,其余的N-1个样本作为训练集,所以LOO-CV会得到N个模型,用这N个模型最终的验证集的分类准确率的平均数作为此下LOO-CV分类器的性能指标。相比于前面的K-CV,LOO-CV有两个明显的优点:
(1)每一回合中几乎所有的样本皆用于训练模型,因此最接近原始样本的分布,这样评估所得的结果比较可靠。
(2)实验过程中没有随机因素会影响实验数据,确保实验过程是可以被复制的。
但LOO-CV的缺点则是计算成本高,因为需要建立的模型数量与原始数据样本数量相同,当原始数据样本数量相当多时,LOO-CV在实作上便有困难几乎就是不显示,除非每次训练分类器得到模型的速度很快,或是可以用并行化计算减少计算所需的时间。
使用Cross-Validation时常犯的错误
由于实验室许多研究都有用到 evolutionary algorithms(EA)与 classifiers,所使用的 fitness function 中通常都有用到 classifier 的辨识率,然而把cross-validation 用错的案例还不少。前面说过,只有 training data 才可以用于 model 的建构,所以只有 training data 的辨识率才可以用在 fitness function 中。而 EA 是训练过程用来调整 model 最佳参数的方法,所以只有在 EA结束演化后,model 参数已经固定了,这时候才可以使用 test data。那 EA 跟 cross-validation 要如何搭配呢?Cross-validation 的本质是用来估测(estimate)某个 classification method 对一组 dataset 的 generalization error,不是用来设计 classifier 的方法,所以 cross-validation 不能用在 EA的 fitness function 中,因为与 fitness function 有关的样本都属于 training set,那试问哪些样本才是 test set 呢?如果某个 fitness function 中用了cross-validation 的 training 或 test 辨识率,那么这样的实验方法已经不能称为 cross-validation 了。
EA 与 k-CV 正确的搭配方法,是将 dataset 分成 k 等份的 subsets 后,每次取 1份 subset 作为 test set,其余 k-1 份作为 training set,并且将该组 training set 套用到 EA 的 fitness function 计算中(至于该 training set 如何进一步利用则没有限制)。因此,正确的 k-CV 会进行共 k 次的 EA 演化,建立 k 个classifiers。而 k-CV 的 test 辨识率,则是 k 组 test sets 对应到 EA 训练所得的 k 个 classifiers 辨识率之平均值。
示例
import numpy as np
from sklearn import cross_validation
from sklearn import datasets
from sklearn import svm
iris = datasets.load_iris()
iris.data.shape, iris.target.shape
((150, 4), (150,))
We can now quickly sample a training set while holding out 40% of the data for testing (evaluating) our classifier:
X_train, X_test, y_train, y_test = cross_validation.train_test_split(
... iris.data, iris.target, test_size=0.4, random_state=0)
X_train.shape, y_train.shape
((90, 4), (90,))
X_test.shape, y_test.shape
((60, 4), (60,))
clf = svm.SVC(kernel='linear', C=1).fit(X_train, y_train)
clf.score(X_test, y_test)
0.96666666666666667
Computing cross-validated metrics
The simplest way to use cross-validation is to call the cross_val_score helper function on the estimator and the dataset.
The following example demonstrates how to estimate the accuracy of a linear kernel support vector machine on the iris dataset by splitting the data, fitting a model and computing the score 5 consecutive times (with different splits each time):
clf = svm.SVC(kernel='linear', C=1)
# 使用iris数据集对linear kernel的SVM模型做5折交叉验证
scores = cross_validation.cross_val_score(clf, iris.data, iris.target, cv=5)
scores
array([ 0.96666667, 1. , 0.96666667, 0.96666667, 1. ])
The mean score and the 95% confidence interval of the score estimate are hence given by:
print("Accuracy: %0.2f (+/- %0.2f)" % (scores.mean(), scores.std() * 2))
Accuracy: 0.98 (+/- 0.03)
By default, the score computed at each CV iteration is the score method of the estimator. It is possible to change this by using the scoring parameter:
See The scoring parameter: defining model evaluation rules for details. In the case of the Iris dataset, the samples are balanced across target classes hence the accuracy and the F1-score are almost equal.
When the cv argument is an integer, cross_val_score uses the KFold or StratifiedKFold strategies by default, the latter being used if the estimator derives from ClassifierMixin.
#用各类的f1平均值做为score
from sklearn import metrics
scores = cross_validation.cross_val_score(clf, iris.data, iris.target,cv=5, scoring='f1_weighted')
scores
array([ 0.96658312, 1. , 0.96658312, 0.96658312, 1. ])
用Crossvalidation做Gird Search
>>> from sklearn import svm, datasets
>>> from sklearn.model_selection import GridSearchCV
>>> iris = datasets.load_iris()
>>> parameters = {'kernel':('linear', 'rbf'), 'C':[1, 10]}
>>> svr = svm.SVC()
>>> clf = GridSearchCV(svr, parameters,cv=5,scoring='f1_weighted')
>>> clf.fit(iris.data, iris.target)
GridSearchCV(cv=5, error_score='raise',
estimator=SVC(C=1.0, cache_size=200, class_weight=None, coef0=0.0,
decision_function_shape=None, degree=3, gamma='auto', kernel='rbf',
max_iter=-1, probability=False, random_state=None, shrinking=True,
tol=0.001, verbose=False),
fit_params={}, iid=True, n_jobs=1,
param_grid={'C': [1, 10], 'kernel': ('linear', 'rbf')},
pre_dispatch='2*n_jobs', refit=True, return_train_score=True,
scoring='f1_weighted', verbose=0)
# View the accuracy score
print('Best score for data:', clf.best_score_)
# View the best parameters for the model found using grid search
print('Best C:',clf.best_estimator_.C)
print('Best Kernel:',clf.best_estimator_.kernel)
print('Best Gamma:',clf.best_estimator_.gamma)
Best score for data: 0.979949874687
Best C: 1
Best Kernel: linear
Best Gamma: auto