注意：这里修改的bootstrap版本为3.3.0

首先找到bootstrap.js关于模态框的代码段，找到

Modal.prototype.show=function (_relatedTarget) {

//这里是show方法
//...
//...

}

在show方法中合适的位置添加下面一段代码：

//使模态框垂直居中显示
var $dialog=that.$element.find("div.modal-dialog"),
   top=(document.documentElement.clientHeight-$dialog.height())/2;  
  $dialog.css({"margin":+top+"px auto"});
  

重新打开页面会发现，模态框会出现在垂直居中的位置，并且不受滚动条的影响。