K近邻算法的kd树实现

k近邻算法的介绍

k近邻算法是一种基本的分类和回归方法,这里只实现分类的k近邻算法。

k近邻算法的输入为实例的特征向量,对应特征空间的点;输出为实例的类别,可以取多类。

k近邻算法不具有显式的学习过程,实际上k近邻算法是利用训练数据集对特征向量空间进行划分。将划分的空间模型作为其分类模型。

k近邻算法的三要素

  1. k值的选择:即分类决策时选择k个最近邻实例;
  2. 距离度量:即预测实例点和训练实例点间的距离,一般使用L2距离即欧氏距离;
  3. 分类决策规则。

下面对三要素进行一下说明:

1.欧氏距离即欧几里得距离,高中数学中用来计算点和点间的距离公式;

2.k值选择:k值选择会对k近邻法结果产生重大影响,如果选择较小的k值,相当于在较小的邻域中训练实例进行预测,这样有点是“近似误差”会减小,即只与输入实例较近(相似)的训练实例才会起作用,缺点是“估计误差”会增大,即对近邻的实例点很敏感。而k值过大则相反。实际中取较小的k值通过交叉验证的方法取最优k值。

3.k近邻法的分类决策规则往往采用多数表决的方式,这等价于“经验风险最小化”。

k近邻算法的实现:kd树

实现k近邻法是要考虑的主要问题是如何退训练数据进行快速的k近邻搜索,当训练实例数很大是显然通过一般的线性搜索方式效率低下,因此为了提高搜索效率,需要构造特殊的数据结构对训练实例进行存储。kd树就是一种不错的数据结构,可以大大提高搜索效率。
本质商kd树是对k维空间的一个划分,构造kd树相当与使用垂直于坐标轴的超平面将k维空间进行切分,构造一系列的超矩形,kd树的每一个结点对应一个这样的超矩形。
kd树本质上是一棵二叉树,当通过一定规则构造是他是平衡的。
下面是过早kd树的算法:

  1. 开始:构造根结点,根节点对应包含所有训练实例的k为空间。 选择第1维为坐标轴,以所有训练实例的第一维数据的中位数为切分点,将根结点对应的超矩形切分为两个子区域。由根结点生成深度为1的左右子结点,左结点对应第一维坐标小于切分点的子区域,右子结点对应第一位坐标大于切分点的子区域。
  2. 重复:对深度为j的结点选择第l维为切分坐标轴,l=j(modk)+1,以该区域中所有训练实例的第l维的中位数为切分点,重复第一步。
  3. 直到两个子区域没有实例存在时停止。形成kd树。

以下是kd树的python实现

准备工作

#读取数据准备
def file2matrix(filename):
    fr = open(filename)
    returnMat = []          #样本数据矩阵
    for line in fr.readlines():
        line = line.strip().split('\t')
        returnMat.append([float(line[0]),float(line[1]),float(line[2]),float(line[3])])
    return returnMat
    
#将数据归一化,避免数据各维度间的差异过大
def autoNorm(data):
    #将data数据和类别拆分
    data,label = np.split(data,[3],axis=1)
    minVals = data.min(0)     #data各列的最大值
    maxVals = data.max(0)       #data各列的最小值
    ranges = maxVals - minVals
    normDataSet = np.zeros(np.shape(data))
    m = data.shape[0]
    #tile函数将变量内容复制成输入矩阵同样大小的矩阵
    normDataSet = data - np.tile(minVals,(m,1))        
    normDataSet = normDataSet/np.tile(ranges,(m,1))
    #拼接
    normDataSet = np.hstack((normDataSet,label))
    return normDataSet
//数据实例
40920    8.326976    0.953952    3
14488    7.153469    1.673904    2
26052    1.441871    0.805124    1
75136    13.147394    0.428964    1
38344    1.669788    0.134296    1
72993    10.141740    1.032955    1
35948    6.830792    1.213192    3
42666    13.276369    0.543880    3
67497    8.631577    0.749278    1
35483    12.273169    1.508053    3
//每一行是一个数据实例,前三维是数据值,第四维是类别标记

树结构定义

#构建kdTree将特征空间划分
class kd_tree:
    """
    定义结点
    value:节点值
    dimension:当前划分的维数
    left:左子树
    right:右子树
    """
    def __init__(self, value):
        self.value = value
        self.dimension = None       #记录划分的维数
        self.left = None
        self.right = None
    
    def setValue(self, value):
        self.value = value
    
    #类似Java的toString()方法
    def __str__(self):
        return str(self.value)

kd树构造

def creat_kdTree(dataIn, k, root, deep):
    """
    data:要划分的特征空间(即数据集)
    k:表示要选择k个近邻
    root:树的根结点
    deep:结点的深度
    """
    #选择x(l)(即为第l个特征)为坐标轴进行划分,找到x(l)的中位数进行划分
#     x_L = data[:,deep%k]        #这里选取第L个特征的所有数据组成一个列表
    #获取特征值中位数,这里是难点如果numpy没有提供的话
    
    if(dataIn.shape[0]>0):      #如果该区域还有实例数据就继续
        dataIn = dataIn[dataIn[:,int(deep%k)].argsort()]       #numpy的array按照某列进行排序
        data1 = None; data2 = None
        #拿取根据xL排序的中位数的数据作为该子树根结点的value
        if(dataIn.shape[0]%2 == 0):     #该数据集有偶数个数据
            mid = int(dataIn.shape[0]/2)
            root = kd_tree(dataIn[mid,:])
            root.dimension = deep%k
            dataIn = np.delete(dataIn,mid, axis = 0)
            data1,data2 = np.split(dataIn,[mid], axis=0) 
            #mid行元素分到data2中,删除放到根结点中
        elif(dataIn.shape[0]%2 == 1):
            mid = int((dataIn.shape[0]+1)/2 - 1)    #这里出现递归溢出,当shape为(1,4)时出现,原因是np.delete时没有赋值给dataIn
            root = kd_tree(dataIn[mid,:])
            root.dimension = deep%k
            dataIn = np.delete(dataIn,mid, axis = 0)
            data1,data2 = np.split(dataIn,[mid], axis=0) #mid行元素分到data1中,删除放到根结点中
        #深度加一
        deep+=1
        #递归构造子树
        #这里犯了严重错误,递归调用是将root传递进去,造成程序混乱,应该给None
        root.left = creat_kdTree(data1, k, None, deep)
        root.right = creat_kdTree(data2, k, None, deep)
    return root

前序遍历测试

#前序遍历kd树
def preorder(kd_tree,i):
    print(str(kd_tree.value)+" :"+str(kd_tree.dimension)+":"+str(i))
    if kd_tree.left != None:
        preorder(kd_tree.left,i+1)
    if kd_tree.right != None:
        preorder(kd_tree.right,i+1)

kd树的最近邻搜索

最近邻搜索算法,k近邻搜索在此基础上实现

原理:首先找到包含目标点的叶节点;然后从该也结点出发,一次退回到父节点,不断查找与目标点最近的结点,当确定不可能存在更近的结点是停止。

def findClosest(kdNode,closestPoint,x,minDis,i=0):
    """
    这里存在一个问题,当传递普通的不可变对象minDis时,递归退回第一次找到
    最端距离前,minDis改变,最后结果混乱,这里传递一个可变对象进来。
    kdNode:是构造好的kd树。
    closestPoint:是存储最近点的可变对象,这里是array
    x:是要预测的实例
    minDis:是当前最近距离。
    """
    if kdNode == None:
        return
    #计算欧氏距离
    curDis = (sum((kdNode.value[0:3]-x[0:3])**2))**0.5
    if minDis[0] < 0 or curDis < minDis[0] :
        i+=1
        minDis[0] = curDis 
        closestPoint[0] = kdNode.value[0]
        closestPoint[1] = kdNode.value[1]
        closestPoint[2] = kdNode.value[2]
        closestPoint[3] = kdNode.value[3]
        print(str(closestPoint)+" : "+str(i)+" : "+str(minDis))
    #递归查找叶节点
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findClosest(kdNode.left,closestPoint,x,minDis,i)
    else:
        findClosest(kdNode.right, closestPoint, x, minDis,i) 
    #计算测试点和分隔超平面的距离,如果相交进入另一个叶节点重复
    rang = abs(x[kdNode.dimension] - kdNode.value[kdNode.dimension])
    if rang > minDis[0] :
        return
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findClosest(kdNode.right,closestPoint,x,minDis,i)
    else:
        findClosest(kdNode.left, closestPoint, x, minDis,i) 

测试:

data = file2matrix("datingTestSet2.txt")
data = np.array(data)
normDataSet = autoNorm(data)
sys.setrecursionlimit(10000)            #设置递归深度为10000
trainSet,testSet = np.split(normDataSet,[900],axis=0) 
kdTree = creat_kdTree(trainSet, 3, None, 0)
newData = testSet[1,0:3]
closestPoint = np.zeros(4)
minDis = np.array([-1.0])
findClosest(kdTree, closestPoint, newData, minDis)
print(closestPoint)
print(testSet[1,:])
print(minDis)

测试结果

[0.35118819 0.43961918 0.67110669 3.        ] : 1 : [0.40348346]
[0.11482037 0.13448927 0.48293309 2.        ] : 2 : [0.30404792]
[0.12227055 0.07902201 0.57826697 2.        ] : 3 : [0.22272422]
[0.0645755  0.10845299 0.83274698 2.        ] : 4 : [0.07066192]
[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.        ] : 5 : [0.02546591]
[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.        ]
[0.08959933 0.15442555 0.78527657 2.        ]
[0.02546591]

k近邻搜索实现

在最近邻的基础上进行改进得到:

这里的closestPoint和minDis合并,一同处理

#k近邻搜索
def findKNode(kdNode, closestPoints, x, k):
    """
    k近邻搜索,kdNode是要搜索的kd树
    closestPoints:是要搜索的k近邻点集合,将minDis放入closestPoints最后一列合并
    x:预测实例
    minDis:是最近距离
    k:是选择k个近邻
    """
    if kdNode == None:
        return
    #计算欧式距离
    curDis = (sum((kdNode.value[0:3]-x[0:3])**2))**0.5
    #将closestPoints按照minDis列排序,这里存在一个问题,排序后返回一个新对象
    #不能将其直接赋值给closestPoints
    tempPoints = closestPoints[closestPoints[:,4].argsort()]
    for i in range(k):
        closestPoints[i] = tempPoints[i]
    #每次取最后一行元素操作
    if closestPoints[k-1][4] >=10000  or closestPoints[k-1][4] > curDis:
        closestPoints[k-1][4] = curDis
        closestPoints[k-1,0:4] = kdNode.value 
        
    #递归搜索叶结点
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findKNode(kdNode.left, closestPoints, x, k)
    else:
        findKNode(kdNode.right, closestPoints, x, k)
    #计算测试点和分隔超平面的距离,如果相交进入另一个叶节点重复
    rang = abs(x[kdNode.dimension] - kdNode.value[kdNode.dimension])
    if rang > closestPoints[k-1][4]:
        return
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findKNode(kdNode.right, closestPoints, x, k)
    else:
        findKNode(kdNode.left, closestPoints, x, k)  

测试

data = file2matrix("datingTestSet2.txt")
data = np.array(data)
normDataSet = autoNorm(data)
sys.setrecursionlimit(10000)            #设置递归深度为10000
trainSet,testSet = np.split(normDataSet,[900],axis=0) 
kdTree = creat_kdTree(trainSet, 3, None, 0)
newData = testSet[1,0:3]
print("预测实例点:"+str(newData))
closestPoints = np.zeros((3,5))         #初始化参数
closestPoints[:,4] = 10000.0            #给minDis列赋值
findKNode(kdTree, closestPoints, newData, 3)
print("k近邻结果:"+str(closestPoints))

测试结果

预测实例点:[0.08959933 0.15442555 0.78527657]
k近邻结果:[[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.         0.02546591]
 [0.10664709 0.13172159 0.83777837 2.         0.05968697]
 [0.09616206 0.20475001 0.75047289 2.         0.06153793]]
    原文作者:量子大脑袋
    原文地址: https://segmentfault.com/a/1190000016293317
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