改善R中网络图的布局和分辨率

2019年8月4日 235次阅读

好的,所以我在R中制作了一个情节.我也放大了它.显然,我无法保存缩放版本(但是,它似乎也没有多大帮助).我附加了原始图像的链接.我想要的是,如果我通过外部软件放大图像,我不会丢失信息或像素.此外,在使用R给出的内置缩放后,我无法看到节点,因为它们正在被许多其他节点重叠.我能以任何方式提高图像质量或至少可以看到所有节点吗？

这是链接：

https://www.dropbox.com/s/m4rdf7ux8yeogb4/Rplot.pdf

我制作情节的文件是,

   "X1" "X2"
"1" 10 123
"2" 4 186
"3" 12 1959
"4" 61 882
"5" 96 431
"6" 14 1617
"7" 37 1536
"8" 17 292
"9" 17 768
"10" 17 2049
"11" 39 1437
"12" 5 25
"13" 36 592
"14" 32 855
"15" 10 1288
"16" 28 269
"17" 25 122 
"18" 142 147
"19" 792 1369
"20" 21 801
"21" 837 1004
"22" 1004 1924
"23" 515 1004
.............
"175" 356 2303
"176" 83 326

我用来绘制图的代码如下：

 library(igraph)
 gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt$X1), as.character(wt$X2)), 
                 directed=F)
 sum(clusters(gg7)$csize>2)         
 plot(gg7)

这里,文件名是“wt”.

最佳答案 您可以使用绘图和布局选项(请参阅plot.igraph帮助页面上的igraph.plotting链接以及布局帮助)以减少重叠并提高可读性.此外,将绘图保存为PDF文件将允许您根据需要放大.以下是两个带有伪数据的示例布局.我只调整了布局和顶点大小,但还有很多其他选项.

library(igraph)

set.seed(20)
wt2 = data.frame(X1=sample(1:100,200,replace=TRUE), X2=sample(1:100,200,replace=TRUE))
gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt2$X1), as.character(wt2$X2)), 
                      directed=F)       

pdf("plot.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.circle, vertex.size=5)
plot(gg7)
dev.off()

pdf("plot2.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.graphopt, vertex.size=7)
plot(gg7)
dev.off()
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