以下代码绘制混合效果模型的随机效果:
mtcarsSub <- mtcars[,c("wt", "drat", "cyl")]
library(lme4)
mtcarsME <- lmer(drat ~ (1|cyl) + wt, data=mtcarsSub)
mtcarsSub$fixed.effect <- predict(mtcarsME)
library(plyr)
l_ply(list(4, 6, 8), function(x) mtcarsSub[[ paste0("random.effect.cyl", x) ]] <<- mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),])
library(ggplot2)
ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) +
geom_point() +
geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2) +
geom_line(aes(wt, random.effect.cyl4), size=2) +
geom_line(aes(wt, random.effect.cyl6), size=2) +
geom_line(aes(wt, random.effect.cyl8), size=2)
我如何以编程方式使每个随机效果线与为cyl显示的颜色相同?因此,cyl的4级随机效应线应为红色,cyl的6级应为绿色,cyl的8级应为蓝色.我不想在geom_line()中指定color =“red”等.
最佳答案 我建议为随机效果制作新的数据框.为此我使用函数ldply()和你为每个级别计算随机效果的函数.此外,在这个新数据框中添加了列wt和cyl. wt将包含来自每个级别重复的mtcarsSub数据帧的所有wt值. cyl将包含值4,6和8.
mt.rand<-ldply(list(4,6,8), function(x) data.frame(
wt=mtcarsSub$wt,
cyl=x,
rand=mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),]))
现在用于绘图在一个geom_line()调用中使用新数据框.由于新数据框也有圆柱,因此将为其分配颜色.
ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) +
geom_point() +
geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2)+
geom_line(data=mt.rand,aes(wt,rand),size=2)