当使用R中的系统发育树数据时(特别是在使用“phylo”或“phylo4”对象时),将分支长度标准化以使某些分类群(进化得更快)不会产生不成比例的分支长度将是有用的.到了树上.这似乎在计算UniFrac值时很常见,可以在这里讨论中找到：
http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp.(但我需要的不仅仅是UniFrac值).

但是,我找不到执行此规范化步骤的函数.我看过猿,picante,adephylo和phylobase.有人可以指导我一个包含这个功能的包,或者一个使这种功能写得简单的包吗？

最佳答案 您是否正在寻找一种功能来缩放树的分支长度？如果是这样,ape中的compute.brlen()就会这样做. Grafen的rho和all = 1都有内置选项.您还可以提供自己的功能.

我不知道UniFrac是否会进行其他类型的分支长度缩放.但如果是这样,你可以编写你的函数并传递它.