我正在使用igraph包,我不确定它是否是一个bug,但$father输出有时没有任何意义.具体来说,当我重命名顶点属性时.
h<-make_tree(10)
#with normal vertex attributes
graph.bfs(h, root="1", neimode='out', order=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE) #father output seems correct
plot(h,layout=layout_as_tree)
#with renamed vertex attributes
set.seed(1)
h<-set.vertex.attribute(h, "name", value=sample(1:10,10))
plot(h,layout=layout_as_tree)
graph.bfs(h, root="3", neimode='out', order=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE) #father output seems wrong
我获得如下输出
#with normal vertex attributes
$order
+ 10/10 vertices, from ff55a96:
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
$rank
NULL
$father
+ 10/10 vertices, from ff55a96:
[1] NA 1 1 2 2 3 3 4 4 5
#with renamed vertex attributes
$order
+ 10/10 vertices, named, from 170f7a0:
[1] 3 4 5 7 2 8 9 6 10 1
$rank
NULL
$father
+ 10/10 vertices, named, from 170f7a0:
[1] 3 4 5 7 2 8 9 6 10 1
我不明白为什么重命名的顶点属性的父亲是错误的.例如,第一个元素应该是NA,但不是.
有人可以解释发生了什么吗?如果是这样,我如何解决这个问题,以便我的父元素反映出与第一种情况类似的东西.
最佳答案 这有点奇怪,但由于某种原因,bfs函数将顶点名称直接分配给父向量的名称.请参阅源代码中的54-55行代码:
if (father)
names(res$father) <- V(graph)$name
显然,这只是用图中的名称向量覆盖res $father的名称.请注意,此条件语句要求参数igraph_opt(“add.vertex.names”)为true.
因此,我们可以通过设置将顶点名称添加为false的全局选项来避免此行为.
> igraph_options()$add.vertex.names
[1] TRUE
> igraph_options(add.vertex.names=F)
> igraph_options()$add.vertex.names
[1] FALSE
现在它应该工作:
h<-make_tree(10)
set.seed(1)
h<-set_vertex_attr(h, "name", value=sample(1:10,10))
bfs(h, root=1, neimode='out', order=TRUE, rank=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE)
输出:
$root
[1] 1
$neimode
[1] "out"
$order
+ 10/10 vertices, named:
[1] 3 4 5 7 2 8 9 6 10 1
$rank
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
$father
+ 10/10 vertices, named:
[1] <NA> 3 3 4 4 5 5 7 7 2
$pred
NULL
$succ
NULL
$dist
NULL
可能值得在igraph github上提高这一点,因为这似乎(至少对我而言)喜欢不良行为.