PCA分析错误输出

2023年9月25日 104次阅读

这是示例数据：

structure(c(368113, 87747.35, 508620.5, 370570.5, 87286.5, 612728, 
55029, 358521, 2802880, 2045399.5, 177099, 317974.5, 320687.95, 
6971292.55, 78949, 245415.95, 50148.5, 67992.5, 97634, 56139.5, 
371719.2, 80182.7, 612078.5, 367822.5, 80691, 665190.65, 28283.5, 
309720, 2853241.5, 1584324, 135482.5, 270959, 343879.1, 6748208.5, 
71534.9, 258976, 28911.75, 78306, 56358.7, 46783.5, 320882.85, 
53098.3, 537383.5, 404505.5, 89759.7, 624120.55, 40406, 258183.5, 
3144610.45, 1735583.5, 122013.5, 249741, 362585.35, 5383869.15, 
23172.2, 223704.45, 40543.7, 68522.5, 43187.05, 29745, 356058.5, 
89287.25, 492242.5, 452135.5, 97253.55, 575661.95, 65739.5, 334703.5, 
3136065, 1622936.5, 131381.5, 254362, 311496.3, 5627561, 68210.6, 
264610.1, 45851, 65010.5, 32665.5, 39957.5, 362476.75, 59451.65, 
548279, 345096.5, 93363.5, 596444.2, 11052.5, 252812, 2934035, 
1732707.55, 208409.5, 208076.5, 437764.25, 16195882.45, 77461.25, 
205803.85, 30437.5, 75540, 49576.75, 48878, 340380.5, 43785.35, 
482713, 340315, 64308.5, 517859.85, 11297, 268993.5, 3069028.5, 
1571889, 157561, 217596.5, 400610.65, 5703337.6, 50640.65, 197477.75, 
40070, 66619, 81564.55, 41436.5, 367592.3, 64954.9, 530093, 432025, 
87212.5, 553901.65, 20803.5, 333940.5, 3027254.5, 1494468, 195221, 
222895.5, 494429.45, 7706885.75, 60633.35, 192827.1, 29857.5, 
81001.5, 112588.65, 68904.5, 338822.5, 56868.15, 467350, 314526.5, 
105568, 749456.1, 19597.5, 298939.5, 2993199.2, 1615231.5, 229185.5, 
280433.5, 360156.15, 5254889.1, 79369.5, 175434.05, 40907.05, 
70919, 65720.15, 53054.5), .Dim = c(20L, 8L), .Dimnames = list(
    c("Anne", "Greg", "thomas", "Chris", "Gerard", "Monk", "Mart", 
    "Mutr", "Aeqe", "Tor", "Gaer", "Toaq", "Kolr", "Wera", "Home", 
    "Terlo", "Kulte", "Mercia", "Loki", "Herta"), c("Day_Rep1", 
    "Day_Rep2", "Day_Rep3", "Day_Rep4", "Day2_Rep1", "Day2_Rep2", 
    "Day2_Rep3", "Day2_Rep4")))

我想进行一个很好的PCA分析.我希望Day的复制品能够很好地相互关联,并且可以从第2天开始复制.我试图使用下面的代码执行一些分析：

## log transform
data_log <- log(data[, 1:8])
#vec_EOD_EON
dt_PCA <- prcomp(data_log,
                           center = TRUE,
                           scale. = TRUE)

library(devtools)
install_github("ggbiplot", "vqv")

library(ggbiplot)
g <- ggbiplot(dt_PCA, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
              groups = colnames(dt_PCA), ellipse = TRUE, 
              circle = TRUE)
g <- g + scale_color_discrete(name = "")
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')
print(g)

但是,输出不是我想要的：

《PCA分析错误输出》

但我正在寻找更像这样的东西：

《PCA分析错误输出》

我想为数据中的每一行使用点,并为每个复制使用不同的颜色.使用Day复制品和Day2的相似颜色会很酷.

使用ggplot获取数据：

《PCA分析错误输出》

最佳答案 我们假设您将数据保存到df中.

library(ggplot2)
pc_df <- prcomp(t(df), scale.=TRUE)
pc_table <- as.data.frame(pc_df$x[,1:2]) # extracting 1st and 2nd component

experiment_regex <- '(^[^_]+)_Rep(\\d+)' # extracting replicate and condition from your experiment names
pc_table$replicate <- as.factor(sub(experiment_regex,'\\2', rownames(pc_table)))
pc_table$condition <- as.factor(sub(experiment_regex,'\\1', rownames(pc_table)))

ggplot(pc_table, aes(PC1, PC2, color=condition, shape=replicate)) +
  geom_point() +
  xlab(sprintf('PC1 - %.1f%%', # extracting the percentage of each PC and print it on the axes
               summary(pc_df)$importance[2,1] * 100)) +
  ylab(sprintf('PC2 - %.1f%%', 
               summary(pc_df)$importance[2,2] * 100))

要使数据处于正确的形状,首先要做的是使用t()对其进行转换.这可能已经是您正在寻找的.

我更喜欢用我自己的功能来绘制这些情节,然后我写下了一些步骤,以便用ggplot2获得一个很好的情节.

《PCA分析错误输出》

更新：

既然你在评论中提问.这是一个在不同的日子重复实验的例子.在一天复制1和2,并在几天后复制3和4.
两天的差异都高于条件的变化(白天有49％的方差,实验只解释了20％的方差).
这不是一个好的实验,应该重复！
《PCA分析错误输出》

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