使用树状图和样品标签绘制热图

2023年6月7日 420次阅读

使用made4的热图功能,我从示例文件中创建了这个热图树形图：

data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")

如何在热图的边缘为样本添加一组标签,如下图所示？

在这种情况下,标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形,用于表示每个样本的标签,以便可以看到标签是否与热图/树形图所示的聚类相对应.在这个特殊的情节中,他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应,但不一定是这种方式,我正在寻找方法只是为样本添加一个通用的列和一行标签.可能不对应于应用树形图的特定阈值所产生的聚类.

热图功能和汗数据来自made4：

require(made4)

见http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴使用可以绘制相同内容的热图的替代方案,基于层次聚类的具有两个树形图的热图.热图只是一个例子.

当我尝试使用热像.2像@HeatherTurner建议我得到这个图像(不知道如何关闭矩阵上的行/列标签以使其更少聚集)：

热图看起来已损坏.这是用小数据集重现这个代码的代码：

require(gplots)
data(khan)
heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,])

产生这个：

导致这些损坏的热图的原因是什么？

更新：道歉,我认为热图没有损坏,只是跟踪列导致青色线通过热图绘制.设置trace = none可以解决问题.

ps它看起来像热图有RowSideCols,可能是相同的参数？

最佳答案 尝试使用gplots包中的heatmap.2函数,该函数包含RowSideColors和ColSideColors参数来创建侧栏.

如果这不符合您的需求,heatmap.plus包允许进一步定制,例如多个颜色侧栏.

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