如何安装包,以便我可以使用调试器逐步执行其R代码？

2024年2月2日 295次阅读

我想安装DESeq2软件包,以便我可以使用调试器逐步完成它.

这个软件包的源代码可以通过GitHub获得,但是我不清楚如何安装软件包以便我可以在调试器中单步执行其R代码.

有没有办法做到这一点？

顺便说一下,我尝试了this earlier thread中提出的方法,但我无处可去：

> trace(DESeq2::plotPCA, browser, at=1)
> devnull <- DESeq2::plotPCA(rld, intgroup = "q", returnData = TRUE)
Tracing DESeq2::plotPCA(rld, intgroup = "q", returnData = TRUE) step 1 
Called from: eval(expr, envir, enclos)
Browse[1]> n
debug: `{`
Browse[2]> n
debug: standardGeneric("plotPCA")
Browse[2]> n
>

(即,在上面的最后一个n之后,我回到了顶级提示符.)

如果我在顶级提示符下输入DESeq2 :: plotPCA,我得到的只是

> DESeq2::plotPCA
nonstandardGenericFunction for "plotPCA" defined from package "BiocGenerics"

function (object, ...) 
{
    standardGeneric("plotPCA")
}
<environment: 0x26bee20>
Methods may be defined for arguments: object
Use  showMethods("plotPCA")  for currently available ones.

我也尝试过源源文件,其中定义了DESeq2 :: plotPCA,但是失败了

Error in setMethod("plotDispEsts", signature(object = "DESeqDataSet"),  : 
  no existing definition for function ‘plotDispEsts’

很明显,在采购此文件之前需要进行一些设置.这种认识导致了这篇文章.

最佳答案 使用带有signature =参数的debug(),例如,

> showMethods("plotPCA")
Function: plotPCA (package BiocGenerics)
object="DESeqTransform"

> debug(plotPCA, signature="DESeqTransform")
Tracing specified method for function "plotPCA" in environment
<namespace:BiocGenerics>

不需要特殊安装,只需要BiocInstaller :: biocLite(“DESeq2”).

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