R Markdown:Elegant, flexible and fast dynamic report generation with R
如果你已经厌倦 Word 或 Pages 等文字处理软件中大量的排版、字体设置、插入等操作，希望专注码字，几乎不动鼠标就生成一篇炫酷的报告，那么请进入R Markdown的新世界。
1.R markdown是什么
R Markdown是通过R语言和markdown标记语法来制作动态文档的一种文件格式以“.Rmd”结尾。其中，markdown是一种「标记」语法，用来代替常见的排版格式，使用诸如 * # 等标记符号生成极富表现力的文档（本文也是用markdown写的）。R Markdown 将markdown和 代码（支持R、SQL、Python等多种语言）整合后可以生成多种静态和动态格式。比如： HTML, PDF,MS Word, Beamer, HTML5 slides, Tufte-style handouts, books, dashboards, shiny applications, scientific articles, websites等。
图1
2.R markdown的文件结构
文件由三种类型内容组成：
–YAML header（可选）：头尾用 —包围,包含标题、作者、日期、输出格式设置等信息。
-* Code chunks：头尾用 “` 包围，包含代码和代码输出结果，更多内容参考code chunks说明。
–Text*:按markdown语法写的文本。
更多参考资料：R markdown_Reference。
3.实现原理
图2
首先，将.Rmd文件提供给
knitr，该文件执行所有代码块，并创建一个包含代码和输出的新的markdown（.md）文档。
接着，
pandoc处理由knitr生成的markdown（.md）文件，并负责渲染完成的相应的文件格式。
4.环境搭建：R+Markdown+LaTeX中文编译方案
R markdown默认情况下能正常输出html、pdf、word等，但输出含有中文字符的PDF会报错或无法显示中文字符，下面将解决在R markdown中输出中文PDF的问题，具体环境如下：Window7(64bit)+R(Version3.4.0)+Rstudio(Version 1.0.143)+Ctex(Version 2.9.2.164)
4.1软件安装
–R：R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
–RStudio：R语言的集成开发环境。
–CTeX:CTeX中文套装是基于 Windows 下的 MiKTeX系统，集成了编辑器 WinEdt和 PostScript处理软件 Ghostscript 和 GSview 等主要工具。CTeX中文套装在 MiKTeX的基础上增加了对中文的完整支持，安装时建议完整安装（它不是R的包）。
4.2操作及环境配置
a.打开RStudio：File–New File–R Markdown–Document
图3：新建Rmd文件
b.设置文件编码格式：File–Savs as–Choose Encoding:UTF-8
c.用如下代码替换默认内容：
---
title: "My First R Markdown Document"
author: "qinluoao"
output:
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex
html_document: default
word_document: default
---
#滕王阁序#
####[作者]王勃 [朝代]唐####
豫章故郡， 洪都新府。 星分翼轸， 地接衡庐。（后续文章内容暂时省略，在4.3最终效果中展示）
d.RStudio中的设置渲染引擎:Tools — Global Options — Sweave –Typeset LaTeX into PDF using: XeLaTex,引擎选择后可以正常输出为 PDF 文档，但中文无法显示。这个主要是 LaTex 的配置问题。
e.使用WinEdt新建header.tex文件，目的是通过在文件头中引入 LaTex 文件进行配置解决中文内容渲染问题。具体操作是：在与编辑的RMD文档同一个文件夹下，用WinEdt（此软件包含在CTeX中）新建header.tex文件，并将如下一行代码写入header.tex文件，最后header.tex保存类型也为UTF-8。
\usepackage{ctex}
另外也可以使用如下代码在header.tex自定义字体：
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont[BoldFont=SimSun]{Microsoft YaHei} %字体雅黑可以更换
\parindent 2em %段首缩进
f.生成PDF文件：操作如下图
图4：生成PDF文件
4.3最后效果
图5：你好！没有乱码的世界！
