AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器

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GO数据库的信息是非常庞大的,为了有效的检索和浏览GO数据库的信息,官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览,查询和下载对应信息,官网如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能,采用树状结构,提供了GO的层级分类信息,示意图如下
《AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器》

鼠标单击某个对应的分类,会弹出如下对话框

《AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器》

点击Term的链接,可以查看该层级下,所有的Gene Ontology 信息,而且可以下载,示意图如下

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通过树状浏览器,可以方便的根据功能对GO数据库进行筛选。

search功能,提供了3种数据的查询方法

  1. Annotations

  2. Ontology

  3. Genes and gene products

在检索时,支持不同的筛选条件,而且可以自定义的下载数据。

1. Annotations

该页面提供了物种的GO注释信息,页面如下

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在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤
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通过Download按钮可以下载数据。

2. Ontology

该页面可以对所有Go Tems进行查询和筛选,示意图如下

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目前共有44997个Go Tems, 在页面右侧的菜单栏,可以根据Ontology source和SubSet进行筛选。

Ontology source 指的是GO的三大类型,通过+将对应的条件添加到筛选条件中,目前,BP共有29682个Go Tems;MF共有11120个GO Terms;CC 共有4195个Go Tems。

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Subset 代表Go slim, 指的是Go 数据库的子集,可以根据研究物种的范围筛选合适的Go skim。

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筛选完成后,可以通过Custom DL下载对应结果,一次最多下载100000条记录。点击下载按钮,首先选择需要下载的列,这里我选择如下3列

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得到的数据如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO编号,第二列描述信息,第三列分类,通过这种方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

3. Genes and gene products

该页面提供了基因产物和GO之间的对应关系,示意如下

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在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤
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除了以上基本功能外,AmiGO2 还提供了很多实用的小工具,比如Visuzlize功能,可视化的展示某个Go Terms 在整个GO 数据库中的位置。

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在输入框输入GO编号就行了,示意结果如下
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会画出输入的Go Terms到根节点的结构,更多的功能请移步官网。

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    原文作者:庐州月光
    原文地址: https://www.jianshu.com/p/03b48f16a81d
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