miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析

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对于mRNA数据,我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析,对于miRNA数据而言,我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。
miRpath是一个在线网站,集成了miRNA靶基因数据库, 只需要输入感兴趣的miRNA Id, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因,然后进行GO和KEGG富集分析,网址如下

http://www.microrna.gr/miRPathv3/

该数据库中集成以下3个miRNA靶基因数据库

  1. TarBase

  2. TargetScan

  3. microT-CDS

支持以下几个物种的GO和KEGG富集分析

  1. Human

  2. Mouse

  3. D.melanogaster

  4. C.elegans

  5. R.Norvegicus

  6. D.Rerio

  7. G.Gallus

该数据库有以下两种使用方式

1. 正向检索

正向检索功能用于分析指定miRNA的功能,输入框如下所示

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

通过Species选择对应物种,在Add miRNAs框中输入感兴趣的miRNA ID,然后选择对应的靶基因数据库即可,kegg pathway运行结果如下所示

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

这个结果其实就是将输入的所有miRNA的靶基因集合进行富集分析,点击details, 可以查看每个miRNA靶基因单独富集分析结果,示意如下

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

点击see genes, 可以查看具体的基因列表,示意如下

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

点击pathway union, 通过show heatmap可以得到如下所示的热图

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》
这种热图反应的是每个miRNA靶基因的富集分析结果,每一行代表一个miRNA, 每一列代表一个pathway, 单元格的颜色该通路下富集的p值决定。

2. 反向检索

反向检索功能用于发现调控指定的GO或者pathway下基因的miRNA, 示意如下

《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

我们可以以miRpath作为参考,利用其他数据库或者自己构建的高质量miRNA靶基因数据来进行富集分析,从而研究miRNA相关功能。

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《miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析》

    原文作者:庐州月光
    原文地址: https://www.jianshu.com/p/1f2c42ab9a7a
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