go 和 pathway分析(摘抄)

一直都搞不清楚这两者的具体区别,只知道是将基因富集到代谢上。

前者是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms,没有阀值的。
后者是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面,例如选择P<0.05.得到的结果都是显著性富集的pathway terms或者GO terms。

GO

GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。

Pathway

Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实验条件下显著改变的代谢通路,在机制研究中显得尤为重要。

GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子,而pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。

    原文作者:丁丁尥料
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