分开与合在一起都可以分析，但目的不同。
分开分析更多强调看通路是被激活还是被抑制；
合在一起分析更宏观。
1 为什么要分开讨论？因为我们希望通过看显著上调或下调的基因中通过GO和KEGG注释，归类之后有没有你所关注的科学问题
2 基因不是单独作用的，所以你可能会发现希望上调的结果下调了，希望下调的结果上调了，这个就需要你做PPI的相互作用网络分析了
3 以上是基本层次的，目前比较好的是做到IPA（ingenuity pathway analysis）主要对医学和动物模型（大小鼠）相关研究有用，对上下调的基因数据做一个完整的整合分析
待续。。。
