零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图

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写在前面

约莫一个月前,不知为何,突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想,TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今,几乎没有停止过接受用户的反馈和改进。感谢TBtools的用户群体,大家一起让TBtools成为更实用的生信下游数据分析外挂小工具。
然而,无论是我们人再多,发现的问题还是有限。而每个人的软件使用习惯也有所不同,对于刚接触生信流程化分析结果的朋友,尤其是湿实验室的朋友,往往会不知所措,更或者耗费大量宝贵的时间在重复一些诸如

  • 序列提取
  • 韦恩图绘制
  • 热图绘制
  • GO富集分析/KEGG 通路富集分析

等繁杂而简单的事情上。而这些分析目前均在TBtools上有一定程度的实现,因为他们的原理极其简单,但是操作却非常耗时。使用TBtools,用户完全可以在极其短的时间内掌握并使用。
而如何让用户尽可能短的时间内,掌握TBtools的使用?是一直困扰我的问题,所以也有了前面开设的课程,见TBtools正式开课的推文,目前已征得已报名的朋友的统一,再招50人
我们已经开展了一次热身课程和两次课程(均有录屏),接下来是要讲到GO和KEGG注释与富集分析
而富集结果的可视化,终于在TBtools新的绘图引擎更新(得益于课题组所需浏览器的开发)之后,可以非常方便的实现。故,我花了几个小时的时间完成了其功能实现和GUI的接口开放。

GO 和 KEGG 的 富集分析

其实最普遍的操作,只是一个超几何分布的检验,更或者说,使用Fisher’s Exact。TBtools很早就支持GO 和 KEGG的富集分析,以下仅展示使用的文件,而不会涉及这些文件的获取(因为往往现在大多数公司均提供非常廉价的分析服务,结题报告中有这些信息)。

GO 富集分析

需要准备三个文件

  1. GO的层级结构文件,即go-basic.obo,可直接从网站上下载,点击摁钮即可跳转

    《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 obo文件下载

  2. GO注释的背景信息,query2Go.backGround,这个文件一般需要先通过GO注释获得,或者直接从公司的结题报告中整理获得,大体格式如下

    《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 GO注释背景示例图

  3. 选择集,如差异表达基因的ID列表,或者通过韦恩图分析获得的ID列表,如

    《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 选择集列表

准备好文件之后,直接使用TBtools即可,点击Start摁钮,等到完成富集分析

《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 image.png

富集分析结构信息比较多,如果没有接触过的朋友,可直接只查看.final.xls文件

《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 image.png

完成了富集分析,那么我们就可以对富集分析结果进行可视化

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非常快,在点击Start之后,就会弹出

《零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图》 image.png

这个对话框中,几乎所有元件都可以按照分组统一调整,包括字体,大小,颜色等…随后可以保存为SVG或者PDF等矢量图

KEGG富集分析…

已经过了14点30分了,差不多要去果园采荔枝了估计,就先不写了。

写在后面

最近我报名了8月份在成都的全国植物基因组学会议,由于学校报账制度的问题,似乎无法请款用于参会。故,

欢迎各位朋友打赏,多多益善

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    原文作者:生信札记
    原文地址: https://www.jianshu.com/p/ffe22a6afdc7
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