#perl#使用perl合并多个文本

2019年6月13日 389次阅读 来源: 生信杂谈

前几天有个同事请教我安装R的事，然后我甩给他一个R包让他自己去安装。最后因为服务器权限不足，没有安装成功。然后我问了一下是需要什么功能，原来是需要将几个文件整合到一起，我一想，这个perl不就可以解决了。接下来我要安利一下perl强大的文本处理能力了。

首先，假设我有很多个文件，格式如下：

《#perl#使用perl合并多个文本》

现在我需要整合这几个文件，最终格式如下：

0和1分别表示在对应文件中存在与否（当然也可以是对应文件中的表达值）。

《#perl#使用perl合并多个文本》

大家第一时间肯定会想到用哈希表，给每个文件设置一个哈希？这个太傻了，而且如果文件很多，那可怎么办….那么用数组，但是数组怎么区分每一行呢？说到这里，可能大家都知道了，没错，用哈希数组。

大概思路是这样的，每当第i个文件的某一行时，检测是否有name对应的哈希key，如果没有，设置以这个name为哈希key的哈希数组为0数组。然后将这个数组的第i个值设置为1就好了。

闲话少说，看代码（注意加粗字体）：

use warnings;
use strict;
my % hash = ();
my@tmp = (0) x@ARGV;
for (my $i = 0; $i < @ARGV; $i++) {
    open IN,
    $ARGV[$i];
    while ( < IN > ) {
        chomp;
        my@sArr = split(/\t/, $_);
        unless(exists $hash {
            $sArr[0]
        }) {@ {
                $hash {
                    $sArr[0]
                }
            } = @tmp;
        }
        $hash {
            $sArr[0]
        } [$i] = 1;
    }
    close IN;
}
foreach my $key(keys % hash) {
    print join("\t", $key, @ {
        $hash {
            $key
        }
    })."\n";
}

是不是很简单，我一般涉及到文本处理是先用perl处理好，之后再用R进行其它计算或者画图就可以了。

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《#perl#使用perl合并多个文本》

    原文作者：生信杂谈
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