生信软件安装之Perl

2019年6月13日 618次阅读 来源: 泥人吴
  • Perl是一门解释性语言
  • Perl的包管理工具：cpan，cpam
  • Perl的手动安装方法

装Perl模块有两种方法：

  • 自动安装：CAPN，CPANM
  • 手动安装（去CPAN网站下载所需要的模块，手工编译、安装）
  • 推荐阅读:perl模块安装大全

Trinitiy中Perl的作用

  1. 命令行参数解析
  2. 流程衔接
  3. 输出格式解析
# 服务器上下载异常的慢，先下载到本地，再用winscp上传，快很多
# 解压缩—make编译—
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ cd Trinityrnaseq-v2.6.6/
vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src/Trinityrnaseq-v2.6.6$ make
# 如何使用，去官网看看使用方法吧

conda的Perl会和系统的Perl冲突

  • 原因：
    conda添加到环境变量后，conda的Perl取代了系统的Perl
    之前安装Perl模块要么找不到，要么与conda的Perl冲突
  • 解决方法：
    不要将conda添加到环境变量中
    解决方法：https://mp.weixin.qq.com/s/PkbM98OteU5xhhsjelBtSw
    原文作者：泥人吴
    原文地址: https://www.jianshu.com/p/bf656e60496f
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