MySQL 数据库引擎取决于 MySQL 在安装的时候是如何被编译的。要添加一个新的引擎，就必须重新编译MySQL。在缺省情况下，MYSQL 支持三个引擎：ISAM、MYISAM和HEAP。另外两种类型INNODB和BERKLEY（BDB），也常常可以使用。如果技术高超，还可以自己做一个引擎。
ISAM
一个定义明确且历经时间考验的数据表格管理方法，它在设计之时就考虑到数据库被查询的次数要远大于更新的次数。因此，ISAM 执行读取操作的速度很快，而且不占用大量的内存和存储资源。
ISAM 的两个主要不足之处在于，它不支持事务处理，也不能够容错：如果你的硬盘崩溃了，那么数据文件就无法恢复了。
如果你正在把 ISAM 用在关键任务应用程序里，那就必须经常备份你所有的实时数据，通过其复制特性，MYSQL 能够支持这样的备份应用程序。
MyISAM
MyISAM 是 MySQL 的 ISAM 扩展格式和缺省的数据库引擎。除了提供 ISAM 里所没有的索引和字段管理的大量功能，MyISAM 还使用一种表格锁定的机制，来优化多个并发的读写操作，其代价是你需要经常运行OPTIMIZE TABLE命令，来恢复被更新机制所浪费的空间。
MyISAM 还有一些有用的扩展，例如用来修复数据库文件的 MyISAMCHK 工具和用来恢复浪费空间的 MyISAMPACK 工具。
MYISAM 强调了快速读取操作，这可能就是为什么 MySQL 受到了 WEB 开发如此青睐的主要原因：在 WEB 开发中你所进行的大量数据操作都是读取操作。所以，大多数虚拟主机提供商和 INTERNET 平台提供商只允许使用 MYISAM 格式。MyISAM 格式的一个重要缺陷就是不能在表损坏后恢复数据。
InnoDB
InnoDB 数据库引擎都是造就 MySQL 灵活性的技术的直接产品，这项技术就是 MYSQL++ API。在使用 MYSQL 的时候，你所面对的每一个挑战几乎都源于ISAM 和 MyISAM 数据库引擎不支持事务处理（Transaction Process）也不支持外来键。尽管要比 ISAM 和 MyISAM 引擎慢很多，但是 InnoDB 包括了对事务处理和外来键的支持，这两点都是前两个引擎所没有的。如前所述，如果你的设计需要这些特性中的一者或者两者，那你就要被迫使用后两个引擎中的一个了。
HEAP
HEAP 允许只驻留在内存里的临时表格。驻留在内存里让 HEAP 要比 ISAM 和 MYISAM 都快，但是它所管理的数据是不稳定的，而且如果在关机之前没有进行保存，那么所有的数据都会丢失。在数据行被删除的时候，HEAP 也不会浪费大量的空间。HEAP 表格在你需要使用 SELECT 表达式来选择和操控数据的时候非常有用。要记住，在用完表格之后就删除表格。
