python – 具有指向数据的指针.在Fortran命令中需要Numpy数组.想要使用Cython

2023年6月14日 243次阅读

这对我来说是一个非常常见的用例.我有一个C函数,它返回一个指向双精度的指针：

 //myheader.h
 double *mycfuntion(...)

我知道返回的数据的维度.我也知道数据是Fortran排序的.我想编写一个Cython“shim”来将数据作为Numpy数组导入Python：

#myshim.pyx
import numpy
cimport numpy as cnumpy

cnumpy.import_array()

cdef extern from "myheader.h" :
     double *mycfunction(...)

def mypyfunc(...) :
     cdef double *data = mycfunction(...)
          **MAGIC**
     return outarray

MAGIC的想法

(A)cdef cnumpy.ndarray [cnumpy.double_t,mode =’fortran’,…] outarray这将是最便捷的做事方式.但是,我在这里缺少一些关键的东西,关于如何将指针数据转换为我可以传递给cnumpy.ndarray构造函数的缓冲区.我试过了：

cdef cnumpy.ndarray[ cnumpy.double_t, mode='fortran', ...] outarray
cdef bytes databuffer = <char *>data
outarray = numpy.ndarray(buffer=databuffer, dtype=numpy.double, ...)

这种方法始终因TypeError而失败：缓冲区对于请求的数组而言太小

(B)Numpy C-API我使用了很多来自Cython的cnumpy.PyArray_SimpleNewFromData(…).它工作得很好.问题是它不支持flags参数,所以我不能告诉它构造一个Fortran数组.我在纯C实现中使用的替代方法是PyArray_NewFromDescr(…).它接受旗帜.这种方法冗长而痛苦,意味着通过一个尚未导入的extern块从numpy获取一些符号.必须有一个更好的方法.

我一直在谷歌上搜索这个问题,但没有出现任何明显的问题.也许我是个白痴.或者只是睡觉.干杯!

最佳答案 这有点hackish,但您可以颠倒维度的顺序然后返回转置.这应该使你的步伐正确,但不能复制数据.

cimport numpy as cnp
cnp.import_array()

cdef double a1[10]
for i in range(10):
    a1[i] = i

# C order
a2 = cnp.PyArray_SimpleNewFromData(2, [2, 5], cnp.NPY_FLOAT64, a1)
# fortran order
a3 = cnp.PyArray_SimpleNewFromData(2, [5, 2], cnp.NPY_FLOAT64, a1).T
# a2 and a3 point to the same data
a2[0,0] = 10.
print a2
print a3
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