haskell – 如何快速搜索“Text”中的子串？

2023年10月11日 258次阅读

我正在尝试找到在文本字符串中搜索子字符串的最快方法.这是所需的输出：

findSubstringIndices :: Text -> Text -> [Int]
findSubstringIndices "asdfasdf" "as" == [0, 4]  -- 0-indexed
findSubstringIndices "asdasdasdasd" "asdasd" == [0, 3, 6]  -- matches can overlap

在我的应用程序中,子字符串是一个固定的6个字母的单词,但是要搜索的字符串很长(假设超过30亿个字母).我目前的方法是使用KMP包：

import Data.Text.Lazy as T
import Data.Algorithms.KMP as KMP
findSubstringIndices a b = KMP.match (KMP.build $T.unpack b) $T.unpack a

但它似乎是对Text的紧凑性的巨大浪费.是否有任何(最简洁的)方法可以在不拆包的情况下完成？

我知道在Text中有一个名为breakOnAll的函数,但它不符合我允许重叠匹配的要求.

编辑：根据@ReidBarton的建议,我实现了一个不需要解包的版本,这确实更快.但是我不确定这是最快的.

findSubstringIndicesC t a b = let (l, r) = T.breakOn b a in case r of
    "" -> []
    _  -> T.length l : findSubstringIndicesC (t + T.length l + 1) (T.tail r) b

findSubstringIndices = findSubstringIndicesC 0

最佳答案
Data.ByteString.Search的介绍性文本表明Boyer-Moore通常最快,链接到基于DFA的算法,在某些特殊情况下更好,并提供近似的性能比.您不应该使用Text来表示DNA序列.文本适用于自然语言,可能是多语言文本. DNA序列看起来完全不同.

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