ntpd在实际同步时间时是一点点的校准过来时间的，最终把时间慢慢的校正对。而ntpdate不会考虑其他程序是否会阵痛，直接调整时间。一个是校准时间，一个是调整时间。

以下是一个形象的假设：
linuxtone限制用户注册1小时才能发帖。
数据库服务器在 10：00分接受了我的注册邀请；
10：03分，ntpdate将数据库时间强行改成9：35分；
然后10：05分（9：37分）我尝试发帖，系统判断我注册时间是否满一小时会使用：9：37 - 10：00
最后电脑就逻辑混乱了。。。

类似的帖子网上也有很详细的说明，贴出来给大家看看：
时钟的跃变，有时候会导致很严重的问题。许多应用程序依赖连续的时钟??毕竟，这是一项常见的假定，即，取得的时间是线性的，一些操作，例如数据库事务，通常会地依赖这样的事实：时间不会往回跳跃。
不幸的是，ntpdate调整时间的方式就是我们所说的”跃变“：在获得一个时间之后，ntpdate使用settimeofday(2)设置系统时间，这有几个非常明显的问题：

• 第一，这样做不安全。ntpdate的设置依赖于ntp服务器的安全性，攻击者可以利用一些软件设计上的缺陷，拿下ntp服务器并令与其同步的服务器执行某些消耗性的任务。由于ntpdate采用的方式是跳变，跟随它的服务器无法知道是否发生了异常（时间不一样的时候，唯一的办法是以服务器为准）。
• 第二，这样做不精确。一旦ntp服务器宕机，跟随它的服务器也就会无法同步时间。与此不同，ntpd不仅能够校准计算机的时间，而且能够校准计算机的时钟。
• 第三，这样做不够优雅。由于是跳变，而不是使时间变快或变慢，依赖时序的程序会出错（例如，如果ntpdate发现你的时间快了，则可能会经历两个相同的时刻，对某些应用而言，这是致命的）。
  因而，唯一一个可以令时间发生跳变的点，是计算机刚刚启动，但还没有启动很多服务的那个时候。其余的时候，理想的做法是使用ntpd来校准时钟，而不是调整计算机时钟上的时间。
  NTPD 在和时间服务器的同步过程中，会把 BIOS 计时器的振荡频率偏差??或者说 Local Clock 的自然漂移(drift)??记录下来。这样即使网络有问题，本机仍然能维持一个相当精确的走时。

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个人使用心得：ntpdate修改简单粗暴，同步速度快，在开机时各种服务还没起来时能快速同步时间，使用ntpd的话由于同步时间约3-4min，数据库往往已经启动，此时同步时间后差过大可能有其他问题