我觉得最近碰到的这个情况应该不算少见，做一点总结。

这个repository的流程是 remote master 分支受保护，不直接接受push，新增feature通过pull request合并到master分支。

场景再现

某个组员自己的A分支中的P文件是旧版本，提交了pull request，由于种种原因没有发现P文件的问题，结果合并到master分支后，master分支的P文件部分的代码倒退回了N天前。我尝试通过B分支（最新P版本）发起一个pull request，合并到master试图将P重新恢复到最新版本。但结果出乎意料，P仍然是旧版本。

分析

问题出在git自身的三路合并（three-way merge）机制，如果base和X分支的某一部分代码相同，但和Y分支不同，合并的结果就会采用Y分支不同的那部分
再加上之前我对git合并的一个误区，以为 merge conflicts 给出的结果涵盖了两个分支所有变动。事实上仅属于单一分支的变动不会显示。(本地除了用外部合并工具，还可以git difftool --ours or git difftool --theirs or git difftool --base)

现在用图例来展示下合并的时间轴：

图示：假设P5版本比P2新, M1是引入旧版本的合并， M2是我尝试修复的合并：

B:                          P5-----------------P5
                           /                    \
master: ---P5(M1 base)---P5(M2 base)---P2(M1)---P2(M2)
            \                         /
A:           P2----------------------P2

在M2合并的时候，Git（包括GitHub上处理合并冲突的webIDE）生成的冲突文件不会显示仅由P2改动的区域。

目前我发现的解决方法只能通过外部合并工具（git mergetool）比如Kaleidoscope, Beyond Compare, vimdiff或者JetBrains家自带的冲突处理工具才能完整看到哪些是仅仅被P2改动的部分。
但似乎GitHub的pull request不支持用外部合并工具处理冲突。除非在GitHub处理冲突的webIDE上直接粘贴P5，想通过M2更新到P5无解。如果P2不仅仅包含旧版本，还有新增的feature，人工处理就会很麻烦。

后来我的解决方法是：在本地用外部合并工具解决冲突后，再提交pull request。
具体操作：从M1 pull到了B分支（这样一来base就变成M1），在本地通过外部合并工具修复回P5（或者git checkout --ours path/to/P），再发pull request合并到master。
还有种方法就是 pull master后，在本地把B分支合并到master（通过外部合并工具修复回P5），用管理员权限push到 remote master。

总结

GitHub上pull request的Resolve conflicts慎用
本地git生成的冲突文件慎用。
鉴于以上几点，今后pull request出现冲突时，可以采用如下流程：
（假设pull request对应的分支是feature）

• 把 remote feature fetch到本地，把 remote master合并到该分支（可以先fetch master，再合并到本地feature，或者直接把 remote master pull到本地的feature），再用外部合并工具解决冲突，然后push，这时候pull request上显示可以合并，直接点Merge按钮即可。
• 如果master不受保护或者可以使用管理员权限强行push，则还可以在本地 pull master后，把feature合并到master，再 push master到GitHub。

Reference

https://www.git-tower.com/lea…
https://stackoverflow.com/que…
https://git-scm.com/docs/git-…