如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息
vcftools –gzvcf input.vcf –chr n –recode – recode-INFO-all –stdout | gzip -c > output.vcf.gz
说明:
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf)
–chr n:选择染色体n,例:–chr 1
–recode:重新编码为vcf文件
–recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息
–stdout:标准输出,后接管道命令
–gzip -c:压缩
> output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz
基本的思想就是利用数据流重定向,把原来输出到屏幕上的数据定向”>”到文件里
参考链接:http://vcftools.github.io/man_latest.html