学习生信,最难的地方竟然是……

每天转发那么多微信鸡汤文为何还过不好这一生,学了这么久生物信息,为何还没有入门。其实应该抓住主要矛盾,各个击破。我以九年的生物信息经验告诉你,其实学习生物信息学最难的地方是……

《学习生信,最难的地方竟然是……》
《学习生信,最难的地方竟然是……》

纸上得来终觉浅

很多新手学习生物信息上来就想学习最重要的部分,想要结果直接就发文章,而不愿学习一些基础的内容,觉得这样浪费时间。那么一定要学习那部分基础的吗?是的,不要隔着锅台上炕。
我们从后往前推,一个合格的生物信息分析工作者,可以熟练利用生物软件和数据库分析生物数据;要想数量掌握软件和数据库就需要熟练掌握Linux命令行(暂时先不要寄希望与图形界面)。而要学会Linux,其实最难的地方是Linux的目录结构。综上,学习生物信息最难的地方其实是要熟悉Linux的目录结构。

绝知此事要躬行

其实Linux并没有大家想的那么难,其实命令行并不复杂,只是需要学习一些指令集,这样才能与计算机进行交互,而很多指令都是英文单词或者其简写,常用的不超过30个,比记忆30个英文单词还容易,详见我们之前的推文:

但是我在教学过程中新手出错最多的地方是Linux目录结构,经常会出现下面的错误,导致生物软件无法运行成功,打击了学习生物信息的信息,认为生物信息很难。

$ command not found...
$ No such file or directory

因为Linux结构与我们熟悉的windows不同,大部分人习惯了windows的盘符,我的电脑,CDE盘等,甚至在windows下所见即所得,无需了解具体目录结构。但是Linux系统随时随地都需要了解目录结构,在加上家目录“~”,主目录“/”,目录分隔符“/”,确实给新手造成很大的困惑,下面我们详解一下Linux的目录结构。

Linux目录结构

这是Linux的目录结构图,是一个树状结构;

《学习生信,最难的地方竟然是……》
《学习生信,最难的地方竟然是……》

这是每个目录具体的内容;

《学习生信,最难的地方竟然是……》
《学习生信,最难的地方竟然是……》

  • 家目录“~”:每个用户登录中默认的其实位置,相当于每个人的家;波浪线是一个简写,它相当于/home/$USER 这个目录;
  • 根目录“/”:相当于windows系统的“我的电脑”,相当于所有系统硬盘的总和,所有数据都在这里面;
  • 目录分隔符“/” :用于区分不同目录的层级,如果用在最前面是根目录,接下来就是目录层级,例如/usr/bin/;

Linux目录操作

切换目录使用cd命令,“change directory”,后面直接接目录的名字,注意从根目录“/”开始,一次可以写一个很长的目录结构,而不需要像windows一层层双击文件夹;
pwd :显示当前目录名
cd :切换目录 change directory
ls :显示目录下的文件
cd / :切换到根目录
cd ~ :切换到用户个人目录
cd ~;ls :切换到用户个人目录并显示目录下文件
cd – :切换到上次使用目录

相对路径

如果每次都从根目录“/”出发,显然很麻烦,因此有了相对目录。

  • cd ./ 一个点,表示当前目录;
  • cd ../ 两个点,表示上层目录;

TAB补齐

因为Linux的目录比较复杂,不可能每次都手写,因此必须经常使用Tab键进行补齐,例如要从当前位置,切换到“/etc/selinux/final/”目录下。

$ cd /et #按tab自动补齐
$ cd /etc/se  #继续tab补齐,会出现三个se开头的
security/       selinux/        setroubleshoot/ setuptool.d/    
$ cd /etc/selinux/ #继续给定字母l,就可以继续补齐
$ cd /etc/selinux/final/ #同理,直接补齐全部目录结构

    原文作者:wangtong
    原文地址: https://zhuanlan.zhihu.com/p/54877212
    本文转自网络文章,转载此文章仅为分享知识,如有侵权,请联系博主进行删除。
点赞