如何从发布的数据ncbi下载所有抽象数据

2019年7月22日 237次阅读

我想下载所有发布的数据摘要.

有谁知道我如何轻松下载所有发表的文章摘要？

我得到了数据来源：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/af/12/

反正有没有下载所有这些tar文件..

提前致谢.

最佳答案 有一个名为rentrez
https://ropensci.org/packages/的包.看一下这个.您可以通过特定关键字或PMID等检索摘要.我希望它有所帮助.

更新：您可以通过以下代码传递IDS列表来下载所有摘要.

    library(rentrez)
    library(xml)

your.ids <- c("26386083","26273372","26066373","25837167","25466451","25013473")
# rentrez function to get the data from pubmed db
fetch.pubmed <- entrez_fetch(db = "pubmed", id = your.ids,
                      rettype = "xml", parsed = T)
# Extract the Abstracts for the respective IDS.  
abstracts = xpathApply(fetch.pubmed, '//PubmedArticle//Article', function(x)
                               xmlValue(xmlChildren(x)$Abstract))
# Change the abstract names with the IDS.
names(abstracts) <- your.ids
abstracts
col.abstracts <- do.call(rbind.data.frame,abstracts)
dim(col.abstracts)
write.csv(col.abstracts, file = "test.csv")
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