import shutil
import os 
path1 = "D:/PYQT5/9-17/labels/train/"  #主文件夹
path2 = "D:/PYQT5/9-17/labels/val/"
final_dir = "D:/PYQT5/9-17/labels/final/"
i = 0
def filenames1(path1,path2): #以path1路径为主进行判断，获得第一个文件夹下的文件路径
    filename1 = []
    for root,name,files in os.walk(path1):
        for file in files:
            for root2,name2,files2 in os.walk(path2):
                if file in files2:
                    filename1.append(path1+file)                   
    return filename1
def filenames2(path1,path2): #以path1路径为主进行判断，获得另一个路径下文件路径
    filename2 = []
    for root,name,files in os.walk(path1):
        for file in files:
            for root2,name2,files2 in os.walk(path2):
                if file in files2:
                    filename2.append(path2+file)                   
    return filename2

file1 = filenames1(path1,path2)
file2 = filenames2(path1,path2)
# print(file1)
# print(file2)
def searchfile(file1,file2):  #改变文件,筛选
    for f1 in file1:
        for f2 in file2:
                if f1[27:]==f2[25:]:   #注意这里获得文件名，27是D:/PYQT5/9-17/labels/train/的长度
                    # print(1)
                    with open(f1,'r') as s1:
                        a1 = s1.readlines()
                        b1 = change(a1)
                        print(a1,f1)
                        print(b1)
                        # s1.close()
                    with open(f2,'r') as s2:
                        a2 = s2.readlines()
                        b2 = change(a2)
                        print(a2)
                    for l in range(len(b2)):
                        if b2[l] not in b1:
                            lien = b2[l].strip()
                            print(lien)
                            with open(f1,"a") as s1:
                                s1.write('\n'+lien)
                                # s1.close()
def change(a): #对获得的列表内字符进行改变
    b = []
    for i in a:
        i = i.strip()  #删除去"202\n"里的\n
        b.append(i)
    return b      
   
searchfile(file1,file2)
path_final = "D:/PYQT5/9-17/labels/final"  #最后保存文件的路径
for item in file1:
    shutil.copy(item, path_final)   #将文件复制到设定的文件夹中
    # shutil.move(item, path1)   #将文件移动到设定的文件夹中

通过利用shutil和os库获得两个文件夹下同名文件，然后分别用filenames1、filenames2获得写入列表。

之后在searchfile里分别对文件内容进行对比，如果相同最后将file1中文件copy至新的文件夹内，如果不同则将file2不同的部分移入file1里，然后copy至新的文件夹里。